A Fepe é responsável, desde 2015, pelo Cadastro de Síndromes e Doenças Raras do Paraná, mais conhecido como SIDORA. Em parceria com a Secretaria de Saúde do Estado do Paraná (Sesa) e o Conselho de Secretários Municipais de Saúde do Estado tem o objetivo de permitir a realização do cadastro de pessoas e associações de pacientes com doenças raras em todo o estado.
Por meio do cadastro é possível realizar o mapeamento dessas doenças identificando e conhecendo a realidade das pessoas e associações. Essas informações são utilizadas como fonte de subsídio, para que, a partir dos dados coletados, possa ser possível dar continuidade às ações de atenção e cuidados de acordo com as necessidades dessa parcela da população.